222 KiB
222 KiB
In [2]:
import pandas as pd
df = pd.read_csv("..//static//csv//heart_2020_cleaned.csv")
print(df.columns)
display(df.head(10))
Регрессия¶
Цель: Разработать модель регрессии, которая будет предсказывать количество часов сна, которое человек получает в сутки, на основе его демографических данных, образа жизни и состояния здоровья.
Применение:
Медицинские учреждения: Модель может помочь врачам оценить качество сна пациента и разработать индивидуальные планы лечения и профилактики нарушений сна.
Компании, разрабатывающие приложения для отслеживания сна: Модель может использоваться для улучшения своих продуктов и предоставления более точных рекомендаций.
Исследования в области сна: Модель может помочь в изучении факторов, влияющих на качество сна.
Сначала подготовим данные для работы - удалим выбросы.
In [34]:
import pandas as pd
from scipy import stats
data = pd.read_csv("..//static//csv//heart_2020_cleaned.csv").head(1000)
numeric_features = ['BMI', 'PhysicalHealth', 'MentalHealth', 'SleepTime']
z_scores = stats.zscore(data[numeric_features])
threshold = 3
data_cleaned = data[(z_scores < threshold).all(axis=1)]
data = data_cleaned
print("Размер данных до удаления выбросов:", data.shape)
print("Размер данных после удаления выбросов:", data_cleaned.shape)
Теперь перейдем к делению на выборки и созданию ориентира
In [19]:
import pandas as pd
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.metrics import mean_absolute_error, mean_squared_error, r2_score
features = ['BMI', 'Smoking', 'AlcoholDrinking', 'Stroke', 'PhysicalHealth', 'MentalHealth', 'DiffWalking', 'Sex', 'AgeCategory', 'Race', 'Diabetic', 'PhysicalActivity', 'GenHealth', 'Asthma', 'KidneyDisease', 'SkinCancer']
target = 'SleepTime'
global X_train, X_test, y_train, y_test
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(data[features], data[target], test_size=0.2, random_state=42)
print("Размер обучающей выборки:", X_train.shape)
print("Размер тестовой выборки:", X_test.shape)
baseline_predictions = [y_train.mean()] * len(y_test)
print('Baseline MAE:', mean_absolute_error(y_test, baseline_predictions))
print('Baseline MSE:', mean_squared_error(y_test, baseline_predictions))
print('Baseline R²:', r2_score(y_test, baseline_predictions))
Создание конвейера и обучение моделей
In [21]:
import pandas as pd
from scipy import stats
from sklearn.model_selection import train_test_split, RandomizedSearchCV
from sklearn.preprocessing import StandardScaler, OneHotEncoder
from sklearn.compose import ColumnTransformer
from sklearn.pipeline import Pipeline
from sklearn.linear_model import LinearRegression
from sklearn.tree import DecisionTreeRegressor
from sklearn.ensemble import GradientBoostingRegressor
from sklearn.metrics import mean_absolute_error, mean_squared_error, r2_score
categorical_features = ['Smoking', 'AlcoholDrinking', 'Stroke', 'DiffWalking', 'Sex', 'AgeCategory', 'Race', 'Diabetic', 'PhysicalActivity', 'GenHealth', 'Asthma', 'KidneyDisease', 'SkinCancer']
numeric_features = ['BMI', 'PhysicalHealth', 'MentalHealth']
preprocessor = ColumnTransformer(
transformers=[
('num', StandardScaler(), numeric_features),
('cat', OneHotEncoder(), categorical_features)])
pipeline_linear_regression = Pipeline(steps=[
('preprocessor', preprocessor),
('regressor', LinearRegression())])
pipeline_decision_tree = Pipeline(steps=[
('preprocessor', preprocessor),
('regressor', DecisionTreeRegressor(random_state=42))])
pipeline_gradient_boosting = Pipeline(steps=[
('preprocessor', preprocessor),
('regressor', GradientBoostingRegressor(random_state=42))])
pipelines = [
('Linear Regression', pipeline_linear_regression),
('Decision Tree', pipeline_decision_tree),
('Gradient Boosting', pipeline_gradient_boosting)
]
for name, pipeline in pipelines:
pipeline.fit(X_train, y_train)
print(f"Model: {name} trained.")
Оценка качества моделей
In [23]:
from sklearn.metrics import mean_absolute_error, mean_squared_error, r2_score
for name, pipeline in pipelines:
y_pred = pipeline.predict(X_test)
print(f"Model: {name}")
print('MAE:', mean_absolute_error(y_test, y_pred))
print('MSE:', mean_squared_error(y_test, y_pred))
print('R²:', r2_score(y_test, y_pred))
print()
Линейная регрессия имеет низкое смещение, так как MAE и MSE близки к 1. Однако, R² близок к 0, что указывает на то, что модель не очень хорошо объясняет дисперсию в данных. Это может быть связано с тем, что линейная модель не может хорошо аппроксимировать сложные зависимости в данных.
Дерево решений имеет высокое смещение и дисперсию. Отрицательный R² указывает на то, что модель работает хуже, чем простое предсказание среднего значения. Это свидетельствует о переобучении и высокой дисперсии.
Градиентный бустинг имеет низкое смещение, так как MAE и MSE близки к 1. R² также близок к 0, что указывает на то, что модель не очень хорошо объясняет дисперсию в данных. Однако, это лучший результат среди всех моделей, что указывает на то, что градиентный бустинг лучше справляется с данными, чем линейная регрессия.
Линейная регрессия и Градиентный бустинг имеют низкое смещение, но низкий R², что указывает на то, что они не могут хорошо объяснить дисперсию в данных.
Дерево решений имеет высокую дисперсию и переобучение, что приводит к отрицательному R².
Классификация¶
Цель: Разработать модель, которая сможет предсказывать вероятность развития сердечно-сосудистых заболеваний (HeartDisease) у пациентов на основе их демографических данных, образа жизни и состояния здоровья.
Применение: Модель может использоваться в медицинских учреждениях для раннего выявления пациентов с высоким риском сердечных заболеваний, что позволит назначить профилактические меры и улучшить результаты лечения.
Проведем деление на выборки
In [63]:
import pandas as pd
from sklearn.model_selection import train_test_split
features = ['BMI', 'Smoking', 'AlcoholDrinking', 'Stroke', 'PhysicalHealth', 'MentalHealth', 'DiffWalking', 'Sex', 'AgeCategory', 'Race', 'Diabetic', 'PhysicalActivity', 'GenHealth', 'Asthma', 'KidneyDisease', 'SkinCancer']
target = 'HeartDisease'
label_encoder = LabelEncoder()
data[target] = label_encoder.fit_transform(data[target])
categorical_features = ['Smoking', 'AlcoholDrinking', 'Stroke', 'DiffWalking', 'Sex', 'AgeCategory', 'Race', 'Diabetic', 'PhysicalActivity', 'GenHealth', 'Asthma', 'KidneyDisease', 'SkinCancer']
numeric_features = ['BMI', 'PhysicalHealth', 'MentalHealth']
categorical_transformer = Pipeline(steps=[
('onehot', OneHotEncoder(handle_unknown='ignore'))
])
numeric_transformer = Pipeline(steps=[
('scaler', StandardScaler())
])
preprocessor = ColumnTransformer(
transformers=[
('num', numeric_transformer, numeric_features),
('cat', categorical_transformer, categorical_features)
])
X = preprocessor.fit_transform(data[features])
y = data[target]
smote = SMOTE(random_state=42)
X_resampled, y_resampled = smote.fit_resample(X, y)
print(pd.Series(y_resampled).value_counts())
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X_resampled, y_resampled, test_size=0.2, random_state=42)
print("Размер обучающей выборки:", X_train.shape)
print("Размер тестовой выборки:", X_test.shape)
In [64]:
import pandas as pd
from imblearn.over_sampling import SMOTE
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.preprocessing import OneHotEncoder, LabelEncoder
from sklearn.compose import ColumnTransformer
from sklearn.pipeline import Pipeline
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier, GradientBoostingClassifier
from sklearn.metrics import accuracy_score, precision_score, recall_score, f1_score, roc_auc_score
from scipy.stats import uniform, randint
from sklearn.model_selection import RandomizedSearchCV
def evaluate_model(model, X_test, y_test):
y_pred = model.predict(X_test)
y_pred_proba = model.predict_proba(X_test)[:, 1]
accuracy = accuracy_score(y_test, y_pred)
precision = precision_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
recall = recall_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
f1 = f1_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
roc_auc = roc_auc_score(y_test, y_pred_proba)
print(f"Accuracy: {accuracy:.4f}")
print(f"Precision: {precision:.4f}")
print(f"Recall: {recall:.4f}")
print(f"F1-Score: {f1:.4f}")
print(f"ROC-AUC: {roc_auc:.4f}")
return {
'accuracy': accuracy,
'precision': precision,
'recall': recall,
'f1': f1,
'roc_auc': roc_auc
}
logreg_param_dist = {
'classifier__C': uniform(loc=0, scale=4),
'classifier__penalty': ['l1', 'l2'],
'classifier__solver': ['liblinear', 'saga']
}
logreg_pipeline = Pipeline([
('classifier', LogisticRegression(max_iter=1000, random_state=42))
])
logreg_random_search = RandomizedSearchCV(logreg_pipeline, param_distributions=logreg_param_dist, n_iter=50, cv=5, random_state=42, n_jobs=-1)
logreg_random_search.fit(X_train, y_train)
print("Лучшие гиперпараметры для логистической регрессии:")
print(logreg_random_search.best_params_)
logreg_best_model = logreg_random_search.best_estimator_
logreg_results = evaluate_model(logreg_best_model, X_test, y_test)
rf_param_dist = {
'classifier__n_estimators': randint(100, 1000),
'classifier__max_depth': [None] + list(randint(10, 100).rvs(10)),
'classifier__min_samples_split': randint(2, 20),
'classifier__min_samples_leaf': randint(1, 20),
'classifier__bootstrap': [True, False]
}
rf_pipeline = Pipeline([
('classifier', RandomForestClassifier(random_state=42))
])
rf_random_search = RandomizedSearchCV(rf_pipeline, param_distributions=rf_param_dist, n_iter=50, cv=5, random_state=42, n_jobs=-1)
rf_random_search.fit(X_train, y_train)
print("Лучшие гиперпараметры для случайного леса:")
print(rf_random_search.best_params_)
rf_best_model = rf_random_search.best_estimator_
rf_results = evaluate_model(rf_best_model, X_test, y_test)
gb_param_dist = {
'classifier__n_estimators': randint(100, 1000),
'classifier__learning_rate': uniform(0.01, 0.5),
'classifier__max_depth': [None] + list(randint(10, 100).rvs(10)),
'classifier__min_samples_split': randint(2, 20),
'classifier__min_samples_leaf': randint(1, 20),
'classifier__subsample': uniform(0.5, 0.5)
}
gb_pipeline = Pipeline([
('classifier', GradientBoostingClassifier(random_state=42))
])
gb_random_search = RandomizedSearchCV(gb_pipeline, param_distributions=gb_param_dist, n_iter=50, cv=5, random_state=42, n_jobs=-1)
gb_random_search.fit(X_train, y_train)
print("Лучшие гиперпараметры для градиентного бустинга:")
print(gb_random_search.best_params_)
gb_best_model = gb_random_search.best_estimator_
gb_results = evaluate_model(gb_best_model, X_test, y_test)
print("\nРезультаты моделей:")
print("\nLogistic Regression:")
for metric, value in logreg_results.items():
print(f"{metric.capitalize()}: {value:.4f}")
print("\nRandom Forest:")
for metric, value in rf_results.items():
print(f"{metric.capitalize()}: {value:.4f}")
print("\nGradient Boosting:")
for metric, value in gb_results.items():
print(f"{metric.capitalize()}: {value:.4f}")
In [ ]:
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.metrics import confusion_matrix, roc_curve, auc
def plot_confusion_matrix(y_true, y_pred, title):
cm = confusion_matrix(y_true, y_pred)
sns.heatmap(cm, annot=True, fmt='d', cmap='Blues', cbar=False)
plt.title(title)
plt.xlabel('Предсказанные значения')
plt.ylabel('Истинные значения')
plt.show()
def plot_roc_curve(y_true, y_pred_proba, title):
fpr, tpr, _ = roc_curve(y_true, y_pred_proba)
roc_auc = auc(fpr, tpr)
plt.figure()
plt.plot(fpr, tpr, color='darkorange', lw=2, label=f'ROC curve (area = {roc_auc:.2f})')
plt.plot([0, 1], [0, 1], color='navy', lw=2, linestyle='--')
plt.xlim([0.0, 1.0])
plt.ylim([0.0, 1.05])
plt.xlabel('False Positive Rate')
plt.ylabel('True Positive Rate')
plt.title(title)
plt.legend(loc="lower right")
plt.show()
def evaluate_and_plot_model(model, X_test, y_test, model_name):
y_pred = model.predict(X_test)
y_pred_proba = model.predict_proba(X_test)[:, 1]
accuracy = accuracy_score(y_test, y_pred)
precision = precision_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
recall = recall_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
f1 = f1_score(y_test, y_pred, pos_label=1)
roc_auc = roc_auc_score(y_test, y_pred_proba)
print(f"{model_name} Metrics:")
print(f"Accuracy: {accuracy:.4f}")
print(f"Precision: {precision:.4f}")
print(f"Recall: {recall:.4f}")
print(f"F1-Score: {f1:.4f}")
print(f"ROC-AUC: {roc_auc:.4f}")
plot_confusion_matrix(y_test, y_pred, f'Confusion Matrix for {model_name}')
plot_roc_curve(y_test, y_pred_proba, f'ROC Curve for {model_name}')
evaluate_and_plot_model(logreg_best_model, X_test, y_test, 'Logistic Regression')
evaluate_and_plot_model(rf_best_model, X_test, y_test, 'Random Forest')
evaluate_and_plot_model(gb_best_model, X_test, y_test, 'Gradient Boosting')
